Il portico a tre arcate è retto da eleganti colonnine con capitello in viva pietra del Furlo. La volta dell’atrio è a crociera mentre il pavimento copre alcuni sepolcri. La porta della Chiesa ha un ornamento che le gira intorno sormontato da un bassorilievo raffigurante il martire San Biagio.
L’arcata sulla destra è il segno evidente di una antica porta attraverso la quale i frati accedevano al loro cenobio, direttamente dalla Chiesa. Chi entra oggi per la prima volta nella navata rimane colpito per l’eleganza, l’austerità e la sobrietà del suo stile come dei suoi oggetti ed ornamenti: Rosone, Soffitto a cassettoni, Altare maggiore tutto lavorato in marmi pregiati, Lampadari in ferro battuto, Pavimento in marmo a due colori, Candelieri in bronzo, Sarcofago, Confessionale in legno massiccio di castagno.
La Chiesa, al momento dell’acquisto, si presentava in condizioni pietose, furono rimossi i quattro altari laterali di cui sono rimasti i sovrastanti quadri e le sacre pietre ora infisse nel muro.
Alcuni quadri impreziosiscono le pareti della Chiesa.
Quello che campeggia sull’altare maggiore presenta San Biagio, a cui è dedicato il tempio, e San Girolamo nell’atto di consegnare per mezzo di un angelo la regola dei monaci al Beato Pietro da Pisa. Scendendo dall’altare maggiore verso la porta di entrata abbiamo sulla destra il quadro dedicato alla Madonna Assunta, mentre sulla sinistra vi è quello della Madonna del Rosario con i Santi Domenico e Caterina. Infine, sulla destra, vi è il quadro dedicato a S. Onofrio con il Beato Pietro da Pisa. Sulla parete opposta vi è il quadro con le figure di S. Girolamo, il Beato Pietro da Pisa e san Domenico.
Gli otto finestroni stretti ed alti furono aperti nel restauro voluto dalla Contessa, sostituendo alcune finestre quadrate ormai in stato di estremo degrado. Come la porta d’ingresso, anche i finestroni hanno una cornice con un fregio lavorato a scalpello. I vetri a rullo, su imitazione del vetro antico, sono legati insieme a piombo e danno riflessi suggestivi.
